El órgano supremo de las cooperativas es la Asamblea General, a la que están convocados todos los socios y donde pueden votar cualquier decisión. Además, cuenta con un Consejo Rector, que es el órgano de gobierno al que le corresponde la gestión y representación de la cooperativa. Aquellas con menos de diez socios pueden sustituir el Consejo Rector por un Administrador Único. Además, debe haber una intervención, que es la responsable de fiscalizar las cuentas sociales que deben ser presentadas a la Asamblea General. Sin embargo, los estatutos de cada cooperativa pueden dejar abierta una puerta a otros órganos consultivos.
De cara a la Seguridad Social, la cooperativa debe asimilar a sus socios en algunos de los Regímenes que tiene, bien en el General, en los Especiales, en los trabajadores autónomos. La opción deberá hacerse en los Estatutos de la Sociedad Cooperativa afectando a todos sus socios, y sólo podrá modificarse mediante la modificación de los estatutos de ésta y siempre que hayan transcurrido cinco años desde la fecha de la anterior opción.
Respecto al régimen fiscal, la cooperativa tiene que asociar a personas físicas que presten su trabajo personal para producir en común; el importe medio de sus retribuciones totales efectivamente devengadas no puede exceder el 200% de la media de las retribuciones normales en el mismo sector de actividad; el número de trabajadores asalariados con contrato por tiempo indefinido no puede exceder del 10% del total de sus socios.
Por otra parte, entre sus beneficios fiscales se encuentra el que están exentas de pago del Impuesto sobre Transmisiones Patrimoniales y Actos Jurídicos Documentados respecto de varios contratos y operaciones; además, respecto al tipo de gravamen en el Impuesto de Sociedades, se aplicará el 20% para los resultados cooperativos, y el tipo general para los resultados extra cooperativos, como son las inversiones financieras y actividades económicas ajenas a los fines específicos de la cooperativa.
